Restitusi PPN Ditolak Karena Faktur Pajak Tidak Sah? Identifikasi Sebab dan Solusinya

Pengembalian pendahuluan atau restitusi dipercepat atas Pajak Pertambahan Nilai (PPN)  Anda tidak dapat disetujui? Bisa jadi hal itu terjadi karena Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menemukan Faktur Pajak Masukan bermasalah, seperti status Pengusaha Kena Pajak (PKP) yang menetbitkan telah nonaktif atau dicabut. Alhasil, Faktur Pajak tersebut tidak sah sebagai pengurang Pajak Keluaran sehingga permohonan restitusi pendahuluan ditolak. 

Kondisi demikian menuntut Wajib Pajak untuk menemukan jalan keluar dan mencegah situasi serupa terjadi di kemudian hari. 

MSM Consulting merekomendasikan evaluasi menyeluruh terhadap status keabsahan vendor serta penerapan prosedur validasi Faktur Pajak yang lebih ketat. Selain itu, pastikan proses restitusi dipercepat telah sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan (PMK) Republik Indonesia Nomor 28 Tahun 2026 tentang Tata Cara Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak.   

Apa yang Dimaksud dengan Faktur Pajak Tidak Sah?

Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER- 9/Pj/2025 secara gamblang menyatakan bahwa Faktur Pajak Tidak Sah adalah:

1. Faktur Pajak yang diterbitkan dan/atau digunakan tidak berdasarkan transaksi yang sebenarnya; dan/atau
2. Faktur Pajak yang diterbitkan oleh pengusaha yang belum dikukuhkan sebagai Pengusaha Kena Pajak.

Direktur Jenderal Pajak berwenang untuk menonaktifkan akses pembuatan Faktur Pajak terhadap Wajib Pajak Terindikasi Penerbit dan Wajib Pajak Terindikasi Pengguna berdasarkan hasil kegiatan intelijen perpajakan.

Konsekuensi Penerbitan Faktur Pajak Tidak Sah? 

Ditegaskan Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER- 9/Pj/2025, alam hal Wajib Pajak tidak menyampaikan klarifikasi dalam 30 hari kalender sejak pemberitahuan mengenai penonaktifan akses pembuatan Faktur Pajak secara elektronik, terhadap Wajib Pajak dimaksud dilakukan pencabutan pengukuhan PKP secara jabatan.

Coretax saat ini data dan kepatuhan administrasi Faktur Pajak dapat tervalidasi dan otomatisasi, sehingga dapat mendeteksi Faktur Pajak masukan. Identifikasi dapat berupa: 

• Faktur Pajak diterbitkan oleh PKP yang sudah dicabut. 
• Faktur Pajak yang tidak mencerminkan transaksi yang sebenarnya terjadi atau Faktur Pajak Fiktif. 
• Tanggal Faktur Pajak tidak sesuai dengan saat terutangnya pajak. 
• Faktur Pajak dikreditkan melebihi masa pajak yang diperkenankan.
   

Terdapat potensi konsekuensi Faktur Pajak yang bermasalah: 

• Pajak Masukan tidak dapat diperhitungkan dalam restitusi dipercepat atau pengembalian pendahuluan
• Nilai pengembalian yang disetujui berkurang
• Apabila permohonan ditolak seluruhnya, Wajib Pajak diarahkan ke restitusi biasa dengan melalui pemeriksaan. 

Guna mengantisipasi penolakan restitusi dipercepat akibat Faktur Pajak Masukan bermasalah, MSM Consulting menekankan pentingnya penerapan langkah mitigasi preventif sejak dini. 

Wajib Pajak perlu memperketat prosedur vendor due diligence melalui validasi status PKP secara berkala pada portal Coretax, serta menyertakan klausa ganti rugi perpajakan (tax indemnity clause) dalam kontrak kerja sama. Langkah ini memastikan bahwa setiap Pajak Masukan berasal dari vendor yang sah dan memberikan kepastian perlindungan finansial apabila terjadi cacat administrasi di pihak pemasok.

Di samping itu, Wajib Pajak harus konsisten menjalankan rekonsiliasi tiga arah three-way matching antara dokumen transaksi, bukti pembayaran, dan Faktur Pajak guna membuktikan keabsahan transaksi riil. Jika penolakan restitusi terlanjur terjadi, penanganan cepat berupa pembetulan Surat Pemberitahuan (SPT) Masa PPN dengan mengeluarkan Faktur Pajak bermasalah menjadi krusial agar pengajuan pengembalian pendahuluan atas nilai Lebih Bayar sisanya dapat diproses kembali secara aman tanpa terhambat pemeriksaan penuh.

MSM Consulting memberikan pendampingan tuntas dalam menentukan strategi penyelesaian terbaik dalam mengajukan pengembalian pendahuluan sesuai dengan PMK Nomor 28 Tahun 2026. 

Berkonsultasi akan membantu Wajib Pajak menyusun analisis kronologi, melakukan koreksi atau pembetulan SPT Masa PPN secara efektif, serta mendampingi seluruh proses klarifikasi maupun pemeriksaan reguler di Kantor Pelayanan Pajak (KPP) demi memastikan hak pengembalian pajak perusahaan tetap terlindungi.